Имеет ли право работодателей при приеме на работу в госконтору не учитывать высшее образование, чтобы не платить больше?

Если работа, на которую вас принимают, требует высшего образования, то это уже учтено в окладе. Но если вас берут на работу уборщицей или завхозом, то тут образование роли не играет, и никакой прибавки к зарплате, только за его наличие, не будет.

Для каждой квалификаци своя оплата, где все заложено

А где платят за наличие диплома? Что за бред?