В слове «прохладен» - ЕН -это окончание или суффикс?

СУФФИКС.

ПРОХЛАДЕН – это краткое прилагательное в форме мужского рода, поэтому окончание у него НУЛЕВОЕ, а -ЕН- – суффикс, вариант суффикса -Н-.

Полная форма данного прилагательного – ПРОХЛАДНЫЙ. Суффикс -Н-, образующий такие прилагательные от существительных, в кратких формах мужского рода превращается в -ЕН- (в нём происходит чередование нуль звука//Е):
► интерес – интересНый, интересЕН, интересНа, интересНо, интересНы;
► польза – полезНый, полезЕН, полезНа, полезНо, полезНы;
► прохлада – прохладНый, прохладЕН, прохладНа, прохладНо, прохладНы.
.