замедляет ли файловую систему большое количество неактуальных mft записей?

Это что ты там уже юзаешь? Если CCleaner, - замедляет! Точней там лагать потом может, и может даже сильно не сразу! Может даже ОС не запуститься после него!

Если PrivaZer - то хрен с ним, от этого ОС не глючит..

А касаемо большого кол-ва, смотря насколько... Если там ОС лет 10 без реинстала и интенсивно юзалась, то да, будет шустрей пахать после PrivaZer...