Считает бухгалтер, но у нее должен быть приказ директора на доплаты. На основании приказа она и делает доплаты. Кадровик не имеет никакого отношения к деньгам.
Это все зависит ТОЛЬКО от порядка, принятого в конкретной организации. Не редкость на практике ситуация, когда отдел персонала принимает непосредственное участие в расчетах.