ВУС в воинском учёте

Позвоните в военкомат, там вам точно скажут

Существует методичка Министерства обороны о ведении ВУС в организациях, там прописаны правила заполнения Т-2. В этом конкретном случае, возможно, имеет место изменение кода в связи с переходом военнообязанного в другую категорию, и к учету он принимается по второй кодировке.
В военкоматах обычно есть ответственные за взаимодействие с организациями, у этих товарищей и можно проконсультироваться.