Планирую посетить Эстонию, но перелёт в Таллин будет транзитом через Латвию.
Визу какой страны нужно оформлять: Латвии (по первому въезду) или Эстонии?
Эстонии. Первый въезд никого не волнует.
Правила визового Шенгенского законодательства определяют, что шенгенская виза должна оформляться в Посольстве той страны, которая для поездки является основной страной пребывания. То есть той. где предполагается провести больше дней (ночей). В данном случае это Эстония. Пересекать границу можете там где вам угодно и удобно. Это вообще никого не интересует.
"Правило первого въезда" изобрели недалёкие дилетанты и выносят всем мозг с этим своим выдуманным "правилом".
В Эстонию визу оформлять, потому что там пробудете больше дней, это основная страна, но в анкете укажите въезд первый в Латвию
Той страны, куда ты направляешься
без разницы