Почему спрашивают именно расчётный счёт

Не расчетный. Просто счет или лицевой счет. Впрочем, неточность терминологии в данном случае несущественна.
Пластиковая карта по своей сути - лишь средство, которое сильно упрощает использование денег, числящихся на этом счете. Сама по себе, т. е. без счета, она никакой ценности не имеет и вообще существовать не может.
Перевод "на обычный номер карты" - это тот же перевод на счет, только в ускоренном виде и с упрощенной процедурой, что является отличным поводом для взимания банковской комиссии.
А потому вопрос вашего работодателя абсолютно естественен.