Если в материнку Gigabyte Z370PD3 поставить SSD NVME PCI ExpressX4 - то работа какого разьема отвалится или обрубится ?

У меня стоит SSD PCI-E X4 с охлаждением на EVGA Z390 и ничего не валится.

PCI-E X4 работает по своей шине, если вставить допустим в разьем видеокарт то скорость обрезается до X8.

Разьемы обычно отваливаются на SSD SATA M.2, там порты SATA отключаются, это все описано в инструкции к Материнской плате.

Никакого. Обрубание разъемов касается только SATA-накопителей в M.2 форм-факторе, поскольку количество портов SATA ограничено спецификациями чипсета. У PCI-е распределение происходят по линиям, а линий PCI-E, особенно у последних поколений закладывается с существенным запасом.

Ничего не отвалится в таком случае это касается только m2 sata