Как настроить программу Облако для виндовс, чтобы содержимое облака не закачивалось автоматически на комп?

В программе укажите правильную папку для синхронизации.
Сейчас там видимо указана какая-то еще папка для синхронизации (не та, откуда вы закачиваете файлы), и она пустая. Программа это видит и начинает ее синхронизировать с облаком.
Поэтому либо скажите, что папка для синхронизации - это та, где сейчас у вас расположены нужные файлы, либо перенесите эти файлы из нынешнего положения в эту папку, которая прописана в настройках программы.