в основе недопонимания лежит не способность понять или не желание приложить усилия для понимания?

Отсутствие интереса!

Возможно недостаток подготовки

Иногда мне кажется, что у некоторых абсолютно другой способ мышления. Человек вроде и заинтересован, а сказанного не понимает или понимает как-то по-своему. И я некоторых не понимаю...

И то, и другое в совокупности.

недообразованность, недопамять, отсутствие концентрации.. лень напрягаться.

неумение "влезть в шкуру" непонятого