Почему два пути, не два путя?
У вас слов мужского рода заканчивающиеся на ь, в родительном падеже единственного числа будет я. Почему для слова "путь" исключение?

Патамушта правильно говорить:" Две путе"
Правильно говорить два путЯ т. к. по правилам русского языка слово в мужском роде с окончанием на мягкий знак при упоминании в множественном лице приобретает "я" на конце
два автомобиля, три поршня, четыре корабля и т. д.
но допускается говорить и два путИ
еще одно доказательство того, что правила по сути никому не нужны, кроме как на этапе подготовки к наработке языковых навыков...
В настоящее время среди существительных мужского рода второго склонения наиболее распространены два окончания: -ы/-и и -а/-я. Использование того и другого окончания определяется рядом факторов:
а) окончание -а/-я имеют существительные, обозначающие парные понятия:
глаза́, рукава́, обшлага́;
б) большинство односложных слов имеет во множественном числе окончание -ы/-и (ПУТИ, торты, флоты, шумы), но возможны и исключения (дома́, сорта́);
в) окончание -а/-я, как правило, имеют во множественном числе двусложные слова с ударением на первый слог.
Ср.: ка́тер – катера́, шо́мпол – шомпола́.
Путей много (они - двойники).