Почему в аниме Наруто, некоторых персонажей называют по имени, а не по фамилии? Это как-то зависит от клана?

Эм, а в чём суть вопроса? Имена для того и даются людям... чтобы их по ним звали. Спрашивать, почему человека зовут по имени... ну потому что его так зовут, очевидно. Да, в Японии принято ставить фамилию перед именем, и в "Наруто" герои сами так представляются, но всё же действие сериала происходит не в Японии, и персонажи зовут друг друга по именам.