FLAC, APE. Удалить и добавить некоторые композиции с сохранением CUE-файла.
Чем можно это сделать? Именно получить тот же большой файл, не разрезать по трекам на мелкие файлы. И чтобы было попроще. И создать CUE.
По дате
По Рейтингу
Объединить можно в любом нормальном редакторе, или в FormatFactory.
А вот, править CUE придётся вручную. Или же, использовать генератор этого файла - программ для этого достаточно много.