Если Windows установлен на любом другом диске и если при переустановке Windows вы не форматируете другие диски - то ничего не удалится. Спокойно устанавливайте Windows на диск С, не переживайте за остальные.
Можно оставить, но лучше полностью форматнуть, надежнее, вот я сохраняю только при экстренной переустановке, в других случаях важные файлы отправляю в облако и форматирую полностью диск.
На диске D всё останется независимо, с сохранением или без. На диске С сохранятся только файлы в папках пользователя (изображения, документы, видео, музыка, кроме папки Загрузки — это не папка пользователя ) . Программы и приложения, браузеры удалятся.