Регистрация, это всего лишь административный акт и он не порождает права собственности на жилье (его долю).
Нет взаимосвязи между регистрацией и права собственности на жилое помещение
Право распоряжения своей собственностью, в том числе и лишить регистрации третьих лиц, лежит на собственнике жилья (ст 209 ГКРФ)
https://zakonrf-info.turbopages.org/zakonrf.info/s/gk/209/ Пожелает снять с рег. учета сестру, она будет снята вместе со своим несовершеннолетним ребенком. Один остаться проживать в квартире он не может.
Несовершеннолетние дети должны проживать по месту жительства своих родителей : ст. 20 ГК РФ п. 2. Местом жительства несовершеннолетних, не достигших четырнадцати лет, или граждан, находящихся под опекой, признается место жительства их законных представителей - родителей, усыновителей или опекунов.
Не будет у матери места жительства, а как следствие.. регистрации по месту жительства или пребывания, не будет и у ребенка. Так что переживать не стоит.