Что-то с пердежом связано. Хотя, если серьёзно, корень слова пир- греч., означает огонь - пламя. А уж замена букв продиктована особенностями языка и произношением.
Ну это просто расскаты грома воспринимались как пердеж бога грозы, чтобы не привлекать его внимание к себе называли иносказательно Пердун, Перун, Перкунас.