Здравствуйте.
Для полной диагностики ситуации пришлите, пожалуйста, в службу поддержки через форму
https://help.mail.ru/surveys/claims несколько разных оригиналов задублировавшегося письма из папки "Отправленные" в виде вложения с полными служебными заголовками в формате eml и кратко опишите возникшую ситуацию.
Как сохранить письмо таким образом подробно описано на странице помощи
https://help.mail.ru/mail/letters/actions/other#download