Ближе к концу игры в crusader kings 3, игра тормозит. В чем может быть причина? Как ее решить?

Вероятно особенности игры. Так как к концу партии игре надо много всего обрабатывать. Похожее происходит в Hearts of Iron 4, чем дальше год, тем игра сильнее замедляется.
Решения тут нет, это нормально. Если сильно мешает, то тут или обновлять комп, или чекать гайды по оптимизации игры. Можешь попробовать снизить графику, это не очень помогает, но я так выиграл пару нормальных лет в хойке.