file_put_contents('myfile.txt', '');
Этот код очистит файл myfile.txt и присвоит ему пустое значение. $filename="file.txt";
if(false===file_put_contents($filename,'')){
//произошел облом при записи файла, например, нет прав на запись или имя файла неправильное или еще что-то
}else{
//файл успешно очищен
};