Как хранятся SQL базы данных?

Разные СУБД хранят по-разному, а некоторые поддерживают несколько разных движков хранения, каждый из которых тоже по-своему хранит данные. И более того, один и тот же движок тоже может иметь разные настройки хранения, например, InnoDB может хранить как все таблицы в одном файле, так и по-отдельности каждую таблицу в отдельном, а также многие позволяют партиционировать таблицы между разными файлами в зависимости от настроек.
Единственный универсальный и надёжный способ переноса данных, не завязанный на конкретную СУБД - при помощи SQL-дампа (экспорта/импорта).