Вычитывают ли деньги из зараплатной платы за аванс?

Да.
Только это не аванс тебе платят, а положенные по ТК РФ командировочные , ну или так называемые - суточные !
И , да , они не входят в заработную плату, а выплачиваются отдельно ! Опять же - согласно ТК РФ !!!

В расчетках аванс и долг на конец месяца разные строки.

Да, вычитывают, аванс всегда часть зарплаты

ЗП может состоять из двух частей.
Первая часть - аванс, из расчета фактически отработанного времени.
Вторая часть - основная.
Обе эти части составляют заработную плату. Естественно аванс составляет какую-то её часть, "сверху" он никому не выплачивается.

из зп все что можно вычитают

Да, конечно.