Если мне надо отвязать эвотор от магазина, надо его удалять из налоговой службы?

Если необходимо снять эвотор с регистрации, то это делается через налоговую службу. Если же вы просто хотите отвязать эвотор от аккаунта в личном кабинете, то достаточно в личном кабинете в разделе "терминалы" изменить настройки СТ.