Дюна – В книге как-то объясняется, почему Шаи-Хулуд (подземных червей) не истребили, накормив их бомбами?
Как в каком-нибудь "Дрожь земли"
Или это банальная сюжетная дыра?

Деточка, у вас проблемы с логическим мышлением?
ДА, ОБЪЯСНЯЕТСЯ! Когда говорится, что спайс (пряность, специя, spice) получается ОТ пустынных червей.
Вы алмазные копи, золотые россыпи и нефтяные вышки тоже намерены ядерными бомбами закидывать?
Не читали, значить, даже и самой первой, лучшей части? В конце-концов объясняется, что эти существа почти исчезли после обводнения планеты Дюны (Арракиса). Но не самим автором-основателем литературной вселенной "Дюны" в авторской трилогии. Вода для них ядовита.
Шаи-хулуды - ЕДИНСТВЕННЫЙ источник вещества в описываемой Вселенной, позволяющего совершать межзвездные перелеты и НЕ использовать искусственный интеллект, компьютеры.
Компьютеры и роботы повсеместно (почти) запрещенные в этой Вселенной на законодательно-религиозном уровне. Вместо этого развиваются умственные и прочие скрытые возможности человека, проводится селекция человека (различными человеческими организациями и религиозными орденами).
Использование искусственного интеллекта, роботов и компьютеров в предыдущую эпоху чуть не погубило разложившийся и деградировавший человеческий вид и вызвали галактический "джихад", в ходе этого "джихада" они были уничтожены во имя возрождения человечества.
В связи с бумом "нейросетей" и "чатов гопоты" литературная вселенная "Дюны" получила новое дыхание и заиграла новыми красками. )