Чтобы отчислиться по собственному желанию, нужно ли иметь долги за пропуски? Их нужно отрабатывать? Или их перезачтут?

нет. Просто приходишь и отчисляешься

да, можно

Хватит собственного желания

Можно, но нюанс в том, что следующее образовательное учреждение будет знать о них

Достаточно своего желания.
Перезачитывать никто ничего не будет, что сдал, то сдал.

Отчисление по собственному желанию возможно только тогда, когда нет повода отчислить вас по инициативе образовательного учреждения. Если у вас задолженность, и вы отказываетесь ее закрывать, то образовательное учреждение вас может отчислить, имеет право в приказе на отчисление вместо "по собственному желанию" написать "за невыполнение учебного плана" или "за академическую неуспеваемость". В любом случае ваше заявление примут, рассмотрят, а там дальше будет видно. Рекомендую вам до подачи такого заявления, погасить задолженность чтобы могли отчислить вас по собственному желанию.