Посоветуйте как правильно организовать систему водоснабжения в квартире.

Для грамотного ответа требуется соответствующий специалист. Ну, естесно, не бесплатно.

Что бы что то советовать нужно видеть план квартиры, где и какие точки потребления/сброса воды будут ...из каких материалов стены...и ещё некоторые нюансы ...и всё это занимает время и стоит денег)

Фото туалетной комнаты недостаточно для продумывания квартирной разводки. А система водоснабжения в квартире не находится.
Оптимально распределить разводку с помощью коллекторов, как минимум душ развести с остальным. Впрочем несколько тройников обойдутся не намного дешевле коллектора с несколькими выходами.
По счетчикам дело хозяйское, я бы не стал переделывать проектное, только закрепить чтоб не висело соплями на весу от возможных поломок.
Фильтр грубой очистки у вас уже стоит от застройщика. От прочих только гимор при отсутствии системы фильтрации.
Шумоизоляция канализационной трубы ПВХ - она вся должна быть специальной "многослойной". Лепить дорогую фигню на обычную бессмысленно. Лучше нишу выложите без экономии из полнотелого ПГП с лючками нормальными для доступа.

Надеюсь, что ванная комната рядом. Сверлить стену и заводить туда пропиленовые трубы к раковине и к ванне. Устанавливать унитаз. На каждый отводок ставить шаровый вентиль. Стены облицевать плиткой. Короб на трубы лучше не делать, иначе там будет влага конденсировать и появиться плесень. Трубы лучше покрасить белой эмалью. На кухне должна быть своя подводка канализации и воды.