У нас мировое соглашение на этапе исполнения судебного акта, а пристав исполнительский сбор установил. Можно ли

его можно обжаловать через пристава в суд....

Поздно. Мировое надо было раньше заключать и предъявлять приставам.

Можно при условии, что соглашение было заключено или до вынесения Постановления о возбуждении ИП или в течение срока для добровольного исполнения обязательства.

К сожалению факт заключения мирового соглашения не отменяет факт нарушения сроков на добровольное исполнение исполнительного документа, за что взыскивается исполнительский сбор.
В 2019 году пытались этот момент исправить, но законопроект похоронили.
https://sozd.duma.gov.ru/bill/739148-7