Можно ли индексировать алименты не в твердой валюте, а 25 процентов от заработка. Больше чем на 3 года?

Какая глупость. Какая к черту индексация? За счет кого? Алименты начисляются от заработка родителя. Сколько он заработал за месяц минус подоходный налог и с оставшейся суммы 25% идет на алименты.

Если размер алиментов 25% от дохода, то, что собрались индексировать. Для чего Вам в этом юрист? Если и так все очевидно. А Вы ещё получается воспитываете будущего человека. Кого воспитаете - существо подобное его родителю, который с Вашего вопроса просто кинул своего ребёнка. У людей - это именуется фашизм.
Об очевидном. Из 12 лет, берёте каждый месяц и смотрите размер дохода отца, и высчитываете 25% потом все суммы складываете. И получаете общий размер долга. Если доход отца не подтверждён, расчёт делается из среднего дохода по России, в каждом из этих месяцев. И расчёт задолженности обязан делать судебный пристав, который ведёт это исполнительное производство. И задолженность взыскивает он же, своим постановлением.
И ещё. Что ждали 12 лет. В России, за не уплату алиментов, предусмотрена уголовная ответственность ст. 157 УК РФ. И надо было требовать от приставов надлежащее исполнение ими закона.

Статья 117 СК РФ - это индексация алиментов присужденный в твёрдой денежной сумме при увеличении прожиточного минимума на детей в регионе проживания получателя алиментов.
По алиментам неустойку можно взыскать, но не более чем за 3 года, ст. 115 СК РФ.
Задолженность пристав считает по средней ЗП в России от суммы на день расчёта долга, ст. 102 ФЗ № 229-ФЗ, если алиментщик не работал официально и не предоставить финансовые документы по полученной ЗП ежемесячные и по годам.
При исполнении н/л 18 лет пристав прекращает взыскание алиментов и рассчитывает долг по алиментам и при его наличии возбуждает новое исп. производство по которому взыскивает долг в пользу бывшего получателя алиментов.

Да, можно индексировать задолженность по алиментам не в твердой валюте, а 25% от заработка, если это будет справедливо и обе стороны согласны на такие условия. При этом необходимо учитывать индексацию за все 12 лет, чтобы рассчитать сумму исходя из текущего минимального прожиточного минимума в вашем городе. Но всё-таки по этому вопросу лучше переговорить с юристом по семейным делам чтобы получить исчерпывающую информацию.