Как в крите настроить заливку?

Никак.
"Настраивать" нужно либо выделение, либо порядок слоёв. Заливка просто заливает...
Сейчас проще выделение снять, и кистью замазать непрокрашенное.

Залить того же цвета чтои пробелы, а потом все нужного цвета. В предь Расчитывайте эту процедуру чтобф не залить необходимые вещи вместе с не нужными.
Другой вариант взять кисть и закрасить все пробелы у вас на работе это позволяет.
Смотря еще в какой программе возможно эти линии на другом слое.