ИП на УСН(доходы) и ПАТЕНТЕ ведет деятельность только по патенту, Но прошла одна платежка, которая не попадает под

Так кто мешает отразить доход по УСН ? Если еще и страховые взносы распределите между ПСН и УСН, и уменьшите на них налоги, то тогда может вообще налоговой базы по УСН не будет. Но это уменьшение налога при УСН с дохода на сумму страховых можете произвести только в налоговой декларации, если отразите доходы при УСН, начислите с них налог при УСН, а затем отразите в декларации уменьшение налога при УСН на страховые взносы.
А если вообще не отразите доход при УСН в декларации, то ИФНС после сдачи декларации по УСН за год, в срок 3-х месяца производит камеральную проверку доходов. Могут запросить банковские выписки за этот период у банков, -и сами определить по назначению платежа в платежках, какие доходы относятся к ПСН, а какие к УСН . И если при проверке выявят доходы которые не отражены в декларации по УСН то, сначала пришлют налоговое требование представить разъяснения почему данные доходы не отражены в декларации по УСН, а потом будут принимать решение, исходя из полученного от вас ответа. Умышленно занизили доходы по УСН, не умышленно. Есть на ЕСН положительное сальдо в размере, достаточном для полной уплаты налога со дня, на который приходится срок уплаты налога, и до момента вынесения решения о привлечении к ответственности или нет. Если умышленно -суд, штраф. Если в течении 5 дней подадите уточненную декларацию по УСН, с даты получения требования от ИФНС и оплатите на ЕНС необходимую сумму, то штраф можно уменьшить.
Еще стоит учесть, что от полученной суммы по платежке зависит, если сумма мала и в ней явно не указан другой вид деятельности, как по патенту, например, в назначении платежа указали только что оплата по счету такому без расшифровки и все, то ИФНС при не больших суммах могут и пропустить такой платеж. Ну а если большая сумма, затребуют объяснений.
Также дополнительно могут затребовать представить КУДиР при УСН, ПСН и договора по сделке, накладные и тп.
Также еще стоит учесть ,от кого доходы получены по безналу -если от физ.лица, то нужно сформировать фискальный кассовый чек, или позднее чек коррекции, если вовремя не отразили операцию согласно 54-ФЗ, иначе еще и штраф за не пробитие чека.