Рыбки не сдохнут и не задохнуться. Углекислый газ не является каким то ядом и вовсе не способствует задыханию рыб. Ведь дышат то рыбы кислородом, а от того что увеличиться концентрация углекислого газа, концентрация кислорода никак НЕ измениться.
А вот pH сильно просадите. Поскольку в ночную фазу фотосинтеза нет и растения углекислый газ в темноте не усваивают, накопление добавляемого CO2 в аквариум приводит к быстрому падению pH. И растениям и рыбам от этого будет плохо.
Так что, на ночь прикручивайте вентиль подачи углекислого газа в аквариум.
Что такое pH (водородный показатель) почитайте к примеру тут
https://ru.wikipedia.org/wiki/Водородный_показатель (хотя если Вы знаете зачем добавлять углекислый газ в аквариум, Вы должны знать и про водородный показатель).