Как отличались друг от друга различные элементы в таблице менделеева до открытия электронов?

По атомной массе.
Менделеев как раз сначала отсортировал все химические элементы по атомной массе. Атомная масса примерно равна числу протонов и нейтронов в атомном ядре.

Число электронов практически не влияет на атомную массу, так как масса протона более чем в 1600 раз больше массы электрона, а масса нейтрона более чем в 1800 раз больше массы электрона. Поэтому даже у ионов, когда изменено количество электронов у атома, атомная масса практически не меняется.

Поэтому до открытия электронов (а также протонов и нейтронов) атомы разных химических элементов отличали друг от друга по значению их атомной массы. Атомную массу научились определять примерно в начале 19-го века, то есть за несколько десятилетий до создания периодической таблицы Менделеева.

Ну, а Менделеев представил химические элементы не в виде линейного списка, отсортированного по атомной массе, а в виде таблицы со столбиками, зависящими от химических свойств элементов. Для этого не надо было ничего знать об электронах.