Остановится ли пуля, с учетом отрицательного ускорения?

Если нет трения, то будет лететь вечно, прямолинейно и равномерно. Но планеты, астероиды, космическая пыль дадут гравитационную силу, и направление движения будет отклоняться. Она может столкнуться с каким-нибудь объектом, например из космической пыли, или газ начнёт останавливать, в космосе же не полный вакуум. Скорее всего из-за газа и произойдёт постепенная остановка пули. А потом начнёт постепенно приближаться к ближайшему тяжёлому объекту, очень медленно, но рано или поздно столкнется с ним. Или будет вращаться вокруг, как спутник, если до этого было в движении.

любой ускорение нужно поддерживать
не даст ей ствой -ускорения
он ее замедлит да и все
никогда она не остановится

напомню что в космосе много молекул и пулю они остановят довольно быстро

Есть. Ты забыл про второй закон Ньютона. Ускорение будет действовать пока есть сила, оно не сохраняется "на потом". Как только пуля покинет ствол, и сила трения перестанет действовать на пулю, при отсуствии других сил ничто не будет тормозить пулю с этого момента.

в идеальном случае (типа сферического коня в вакууме) нет причины пуле тормозиться.

не остановится. и рано или поздно войдет во взаимодействие с иными космическими телами.т.е. либо на них свалится либо по орбите будет крутиться. во вселенной нет ни одного стоячего тела)конечно счас могут возразить что в одной системе отсчета тело движется, а в другой в покое) но это уже совсем другая история

Трение будет тормозить пулю только пока она этому трению подвергается. То есть, внутри ствола. А там на нее действует давление газов, которое гораздо больше силы трения, поэтому пуля разгоняется. А по выходе из ствола она лишается как давления газов, так и трения тоже. Поэтому дальше она летит без ускорения, с постоянной скоростью. Дальнейшая ее судьба будет зависеть уже от других тел и других причин. Смотря, где именно ты проводишь опыт, и куда именно стреляешь.