Если я приду в банк и попрошу обменять 5000 купюру на копейки, банк будет иметь право отказать мне?

не

да, поскольку копейки в дефиците, они не насобирают столько, видел видео как чел сделал это,чтобы сдать их на цветмет, потом ему отказали

Копейки в дефиците, скорее предложат отдать монетами по 5-10р

Нет

Да, он вообще ничего не обязан вам разменивать. Кто хочет возразить, то с ссылками на конкретный текст закона пожалуйста приходите в комменты)

я как-то покупал (обменял) банковский мешок тряпичный с пластиковой пломбой у них, с 5-ти рублевыми монетами на 5 000, чет типа такого

Деньги (даже 1 копейка) - "средство платежа" которые исчисляются "суммой", а не "видом" этих средств.
Банк просто ен будет учитывать ваше желание и выдаст деньги "по сумме", ничего не нарушая. Кроме того, сами "деньги", как физический объект, собственность ГОСУДАРСТВА, данная вам "во временное пользование на безвозмездной основе".
"Учиться, учиться, и ещё раз - учиться"!