12 В всегда 12 В, а вот ЭДС (измеряется в Вольтах) далеко не всегда равно напряжению измеряется в Вольтах).
В Вашем случае "простой блок питания" имеет заметно бОльшее внутреннее сопротивление (чем больше сопротивление, том больше падение напряжения при протекании тока) по сравнению с "компьютерным блоком питания", это и обуславливает разницу результирующего напряжения на вентиляторе, а значит и частоты вращения.
Также своё влияние оказывает и сечение питающих проводов (в компьютерном блоке питания сечение больше, а значит и потери в них меньше).