Вопрос не том в военный или гражданский, а где. Ясень пень что хирург в зоне боевых действий, а это может быть и гражданский, будет получать больше чем в районной поликлинике.
Военный врач в первую очередь военный, а потом уже врач. И получает, как военный -- в зависимости от должности, звания, выслуги лет и т.д. А не как доктор в муниципальной поликлинике.