Почему стоит запятая после слова - темно?

Члены однородные

Потому что по правилу нужно ставить там как там перечисление было

Однородные сказуемые

автор так чувствует

Заканчивается перечисление однородных членов и начинается новая часть предложения (т.е. запятая разделяет две части предложения)

Потому что однородные одночлены внутри деепречастного.

Почему стоит запятая после слова - темно?

Было тихо, темно, и только высоко на вершинках кое-где дрожал яркий золотой свет.

Это СЛОЖНОСОЧИНЕННОЕ предложение, состоящее из двух простых. Запятая стоит перед второй частью его.
1-я часть - "Было тихо, темно".
2-я часть - после союза И.