Так и должно быть.
Зона перехода надземной части в подземную называется корневой шейкой.
Если соскоблить кору и видно цвет зеленый, значит это стеблевая часть (ствол), если цвет меняется на жёлтый, светло-бежевый, то это корневая часть.
По этим признакам определяют начало корневой шейки - уровень посадки саженца.
На фото видно переход цвета.
Мёртвые корни на срезе будут тёмно коричневые или чёрные.
Если саженцы мертвы, то цвет под корой на стволе не будет зелёный, он будет коричневый.
В норме цвет под корой на стволе зелёный.