Почему Города ниже не относятся к тому к чему они должны относиться

Области отдельно ...
Задам встречный вопрос, а почему Ялта это не Крым?
Ответ риторический: просто там все дороже и ведомства тоже разные...

Это называется города федерального подчинения. Т.е. эти города подчиняются центру напрямую. Есть такая же в Сочи территория федерального подчинения Сириус (т.е. федерального подчинения, по сути район г. Сочи)