Похоже, что действительно косточка начала прорастать.
Почему такое прорастание вполне имеет место быть.
Самопроизвольному преждевременному прорастанию семян мешают особые вещества-ингибиторы, которые содержатся в слизистой оболочке вокруг семян, не пропускающей воду. При длительном и/или неправильном хранении внутри начинаются процессы гниения (брожения), околосеменные оболочки истончаются, а вещества эти не могут полноценно выполнять свою функцию, разрушаются. Семена (косточки) прорастают без помех. Это явление называется вивипарией или живорождением у растений. Вивипария — прорастание семян в плодах.
Бывает даже так