Военная автоинспекция и дорожно-комендантская служба

разница в том, что про вторую я вообще ни разу не слышал. а первая гражданских не трогает, им нет до нас дела.

ВАИ относится к военной полиции. А ДКС, насколько я понял, обеспечивает движение на военных автодорогах силами дорожных войск.