Как сохранить слои в фотошопе?

В виде проекта

Так и сохранить, в его родном формате, а не экспортировать в картинку

Даже не благодарите

Ваш кэп О

Ещё вроде бы tiff формат слои сохранял, но не уверен.
Но проще всего сохранить в формате psd

Сохранять каждый слой в отдельный файл, или все вместе, как они расположены в программе?
В посленднем случае — сохранять в форматах, поддерживающих слои — родном psd или общеупотребительном tiff.
В первом — либо Файл → Экспортировать → Слои в файлы, либо Экспортировать как(Alt+Shift+Ctrl+W), либо выделять и сохранять каждый слой отдельно, выключая видимость вышерасположенных.