Существовала ли в реальной жизни катастрофа, которая разрушила деревню в аниме *твое имя*

Нет, не существовало такой катастрофы, чтобы городу прям так "повезло" и его стерло метеоритом. Есть похожие по силе метеориты, есть археологические догадки уничтожения села метеоритом (Большой курган под Абу-Хурейра отмечает поселение, которое сейчас лежит под озером Асад.).