подскажите могу ли я отправить сына самого за границу СНГ через Украину ,ему 16 лет есть загран паспорт РФ.

Можно, разрешено самостоятельно перемещение детей с 14 лет. Но! только при наличии нотариального согласия родителей на самостоятельное передвижение или поездку с третими лицами.
Пустят в любую страну, если есть документ (согласие) на самостоятельный выезд, составленное под конкретную поездку на конкретный период.
Выезд несовершеннолетных без сопровождения не запрещен ни одним законом, без документального согласия - нельзя, а с ним - пожалуйста.