как предстоит вести себя с военкоматом когда окончил и зашитил аспирантуру ?

Если успешно защищена диссертация, то армия не грозит, т.к. кандидаты не призываются. Решение о том, что аспирант стал кандидатом, принимается диссертационным советом в день защиты. Т.е. со дня успешной защиты Вы не подлежите призыву. Об успешной защите дается справка для военкомата.
Но.
Защиту должен утвердить ВАК где-то не более, чем через полгода после защиты. Так вот, военкомат на эти полгода дает призывнику отдохнуть, а потом требует предоставления диплома кандидата, который выдаёт ВАК. Если ВАКом принято положительное решение об утверждении присвоения степени, но диплома спустя полгода нет, будут пытаться забрить, хотя это совершенно незаконно.
Ходить в военкомат с момента дачи справки о том что диссертация успешно защищена до момента, пока не придет диплом НЕЛЬЗЯ не смотря ни на какие повестки и угрозы.
Захотят - пусть обращаются в суд, они его проиграют.