Наверное у ИП свой уголочек, отгороженный хотя бы ящиками, и ООО каждый день выписывает ему товар, а остатки забирает обратно тоже каждый день. Вы это имели ввиду?
наверное у вас все таки два разных договора аренды где выделены отдельные для каждого кв. метры, иначе ни как ...при проверке кол-во товара как определять налоговая будет?