Думаю подобная ситуация требует кардинального и эффективного решения. Я уже довольно долго имею дело с пдф файлами, однако нечто подобное было пару раз. Некоторое время назад наткнулся на одну утилиту которая могла бы помочь вам так же как и помогла мне -
pdf recovery.