Как работодателю обратиться в Пенсионный Фонд РФ с целью узнать номер пенсионного свидетельства работника?

позвонить в свой ПФР или попросить работника самого сходить пока не оформили, это будет быстрее.
А так снова отправлять его данные, от них придёт ответ, что уже заводили, вам снова писать, что утеряно, снова отправлять данные и ждать их ответа, в общем, гимор, лучше поговорить с работником. В конце концов это обязательный документ при приёме и работник должен это знать, это его пенсия в конце концов. Впервые оформляет работодатель, это правильно, а вот если утеряно и он вам ещё не работник, можно и не принять по этой причине, так и скажите, когда будете "уговаривать" ) он сам оформит всё за пару дней, а вам месяц этим заниматься придётся в лучшем случае.