Как можно сохранить прогресс игр при переустановки Windows?

По-разному. Нужно ходить на форумы каждой игры и спрашивать.

можно конечно по проще - найти где лежать сейвы и перетащить их на флешку

У каждой игры в разных папках это дело хранится!! !
Вот например у GTA San Andreas в моих документах папка GTA San Andreas User Files

Попробывать переустанавливая Виндоус, то не форматировать, а установить поверх или попробывать восстановить вашу систему-виндоус.

Мой компьютер>мои документы.