В чем отличие между "стальным алхимиком" и "стальной алхимик братство"?

Это не два сезона, ни в коем случае. Это две разных экранизации одной манги. Проще сказать что у них общего, чем перечислить отличия: оба сериала - экранизация манги Fullmetal Alchemist. А все остальное - разное: режиссеры, рисовка, сэйю и т. д. Сюжет, во многом, тоже.
Дело в том, что TV-сериал Fullmetal Alchemist 2003 года снимался по онгоинг-манге, так что там быстро начались расхождения с сюжетом манги (только первых семь томов было экранизировано, а дальше пошел свой сюжет) , а TV-сериал Fullmetal Alchemist: Brotherhood 2009 года - строгая экранизация всей манги.