Если в паспорте польская шенгенская виза, а билет на поезд будет до Берлина, будут ли проблемы при пересечении границ

Вообще-то не должны быть!

будут. первая страна должна быть польша.

надо хоть для блезира в Польше как-то покантоваться.. .
из отеля типа счёт показать. что ночевали там...

Не будет, Вы же сначала Польшу с белорусской стороны пересечёте, где вам штампик поствят, а дальше границ нет. Хотя могут белорусские таможенники придраться.

ну и че? Виза одна - шенгенская.